Awal mula nama Indonesia muncul dalam dunia ilmu pengetahuan. Pertama-tama muncul pada sebuah tulisan ilmiah dari seorang Inggris bernama George Samuel Windsor Earl.  Earl adalah seorang ahli ethnologi yang meneliti bangsa yang berada di Kepulauan Nusantara. Ia menyebut bangsa yang tinggal di kepulauan tersebut dengan nama Indu-nesian dan Melayunesians pada tulisannya yang ia buat tahun 1835 hingga 1850. Tetapi ia tidak menyebut nama Kepulauan itu dengan dua kata tersebut. Sepertinya Earl masih bingung dengan penyebutan kepulauan itu walau ia telah menemukan dua kata tadi.

Kemudian seorang Inggris lainnya yang bernama James Richardson Logan pada tahun 1850 menulis suatu karangan ilmiah yang berjudul The Ethnology of The India Archipelago dalam suatu jurnal dengan nama Journal of The Indian Archipelago and Eastern. Dalam karangannya tersebut ia menyebut Kepulauan Nusantara dengan nama Indonesia. Logan menggunakan kata Indonesia juga untuk menyebut penduduk kepulauan itu yang berkulit lebih terang dibandingkan yang berada di wilayah timurnya.

Orang yang mempopulerkan nama Indonesia kemudian adalah Adolf Bastian. Ia seorang Jerman yang ahli dalam Etnologi. Ia menggunakan nama tersebut pada tahun 1884 dalam karangan ilmiahnya yang berjudul Indonesien Oder Die Inseln Des Malayischen Archipels. Sejak itu nama Indonesia makin populer digunakan untuk menyebut wilayah yang juga disebut sebagai Hindia Belanda.

Kemudian seorang ahli Hukum Adat yang bernama C. van Vollenhoven selalu menggunakan nama Indonesier untuk menggantikan nama Inlander dalam karangannya yang berjudul Het Adatrecht van Nederlands-Indie. Pribumi yang mula-mula menggunakan istilah "Indonesia” adalah Suwardi Suryaningrat (Ki Hajar Dewantara). Ketika dibuang ke negeri Belanda tahun 1913 beliau mendirikan sebuah biro pers dengan nama Indonesische Pers-bureau. Nama Indonesisch (Indonesia) juga diperkenalkan sebagai pengganti Indisch (Hindia) oleh Prof Cornelis van Vollenhoven (1917). Sejalan dengan itu, inlander (pribumi) diganti dengan Indonesiër (orang Indonesia).

Nama Indonesia tersebut berasal dari bahasa Yunani. Dari kata Indo dan Nesos. Indo berarti India atau Hindia, sedangkan Nesos berarti kepulauan. Dengan demikian arti nama Indonesia adalah Kepulauan Hindia atau India. Menurut Earl, alasan utamanya menggunakan kata Nesos adalah karena ia menduga kata Nusa yang sangat mirip dengan kata Nesos yang berarti juga pulau atau kepulauan dalam bahasa Melayu Austronesia, memiliki umur yang mungkin sama tuanya. Kata Nesos mirip dengan kata Nusa dan memiliki umur yang sama.

Sedangkan Logan dan kemudian Adolf Bastian mengikuti jejak Earl menggunakan kata Indonesia rupanya karena mendukung pendapat tentang  kata Nusa dan Nesos tersebut.

Sebutan Indonesia secara politis mulai diikrarkan secara serentak oleh para pemuda Indonesia pada tanggal 28 Oktober 1928 yang lebih kita kenal dengan sebutan Sumpah Pemuda. Tiga isi sumpah pemuda tersebut adalah 1). Kami putra dan putri Indonesia, mengaku berbangsa satu, bangsa Indonesia, 2). Kami putra dan putrid Indonesia mengaku berbahasa satu, bahasa indonesa, 3). Kami putra dan putrid Indonesia mengaku bertanah air satu, tanah air Indonesia.

Penegasan nama Indonesia dibacakan dalam naskah Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia pada tanggal 17 Agustus 1945 yang dibacakan Ir. Soekarno dan ditandatangani oleh Soekarno-Hatta atas nama bangsa Indonesia. Lantas, siapa penemu nama Indonesia yang sebenarnya?  Dari penjelasan di atas kita pasti bisa menyimpulkan siapa sebenarnya penemu nama Indonesia, yang jelas Indonesia ada karena berkat anugerah dari Tuhan  YME.